La 12 mai 1581, în urmă cu exact 439 de ani, suveranul Ștefan Bathory, regele Uniunii Polono-Lituaniene, unul din cele mai mari state europene la acea vreme, și principele Transilvaniei, fonda, la Cluj, Academia Claudiopolitana, unde se află și azi sediul central al UBB.

Academia Claudiopolitana de la Cluj, numit atunci Claudiopolis, a fost înființată prin Diplomă regală pe „Ulița Lupilor”.
A fost practic prima instituție cu statut de universitate de pe teritoriul de astăzi al României, la acea data fiind însă, așa cum reiese din diploma fondatoare, și singura instituție de acest tip activă pe teritoriul Ungariei.
Academia Claudiopolitana avea dreptul conferit de un suveran pentru a oferi titlurile universitare de baccalaureus, magister și doctor în cele două facultăți unde pregătirea se făcea în limba latină: Facultatea de Filosofie, unde studia 3 ani, urmată de Facultatea de Teologie, unde se studia timp de 4 ani. Cu acordul Suveranului Pontif, Academia este organizată și condusă de Ordinul Iezuit, iar în 1583 Papa îi asociază și un seminar pentru pregătirea preoților, arată reprezentanții Universității Babeș-Bolyai, cu sediul central pe fosta „Uliță a Lupilor”.
Academia Claudiopolitana a funcționa cu întreruperi și reluări ale activității, după modelul celor mai multe universități ale acelor vremuri. Celor două facultăți originale li s-au adăugat dreptul, în 1774 și medicina în 1775/1776.
Din anul 1753 devine universitate imperială, cu predare în latină și germană, nemaifiind una strict catolică/iezuită. Susținerea doctoratelor era publică, după modelul universităților din Viena și Praga, între anii 1725 și 1752 fiind înscriși 231 de doctoranzi.
După 1786, Universitas Claudiopolitana este transformată într-o instituție de învățământ superior fără rang universitar – cu rang semiuniversitar – putea face pregătire la nivel de filosofie și/sau la nivelul titlurilor de baccalaureus/magister, dar nu doctor, potrivit istoricilor. Ulterior vor rămâne Academia de Drept din Cluj, refondată în 1863 și Institutul Medico-Chirurgical, după anul 1850). Aceste două instituții de învățământ superior semiuniversitar vor fi înglobate în 1872 în noua Universitate Maghiară din Cluj, transformată la rândul ei, în anul 1919, în Universitatea Românească din Cluj.
În perioada comunistă, Universitatea Bolyai, derivată din universitatea maghiară, și universitatea Victor Babeș, derivată din universitatea românească, vor fi reunite în 1959 în Universitatea Babeș-Bolyai.
„UBB, ca moștenitoarea legală a Universității Românești din Cluj, dar și una dintre instituțiile continuatoare ale acestei tradiții academice vechi, prin Carta și în însemnele oficiale ale universității a onorat această tradiție imediat după Revoluția din 1989. La fondarea Academiei/Universității, suveranul Ștefan Bathory declara că aceasta trebuie să aibă aceeași demnitate precum cele din Franța, Germania, Italia sau Spania, iar Curtea de la Viena a ridicat-o la un astfel de nivel. Această cultură academică fondatoare pentru excelență s-a menținut de-a lungul istoriei universității noastre, UBB neavând în siglă doar 1581, ci asumând esența academică a acestui act fondator prin motto-ul Traditio nostra unacum europae virtutibus splendet și prin valorile Tradițio et Excellentia. În plus, acceptarea noastră recentă în GUILD, comunitatea unora din cele mai prestigioase universități world-class europene, arată că nu rămânem doar în simboluri, ci că suntem ancorați în realitatea academică internațională de prestigiu”, a declarat rectorul Universității Babeș-Bolyai, prof. univ. dr. Daniel David.